こんなエラーメッセージがでたときは
*sys-package-mgr*: can't write cache file for 'hoge/lib/mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar' *sys-package-mgr*: can't write index file
Jython の cachedir 以下のパーミッションを 誰でも読み書きできる 777 に変更する。
$ su $ chmod -R 777 /usr/local/jython2.5.2/cachedir
参考ページ
http://www.prasannatech.net/2009/02/jython-sys-package-mgr-processing-jar.html